质疑一：为何26天之后才公布，是否涉嫌瞒报
7月4日上午，故宫博物院古陶瓷检测研究实验室在对宋代哥窑青釉葵瓣口盘进行测试时发生损坏。可直到7月30日有网友爆料之后，故宫才承认事故的发生。不只是此次的文物受损事件，“故宫失窃”“建福宫被改造成会所”事件都是由网友爆料，故宫才被动做出回应。公众质疑：是不是没有爆料，故宫这一系列的事故就将永远不会被公众知晓？
对此，故宫给出的回应是：故宫在事故发生的第一时间就要求停止监测工作，并展开调查。事故调查组组长陈丽华表示，单就目前这个事故来讲，完全是为了求得一个科学的准确的回答。这次事故完全是因为事故的复杂性导致了这样一个时间过程，但确实没有网民质疑的所谓瞒报问题。
质疑二：出库程序是否严格，检测人员是否有资质，无损检测为何损坏
在网友龙灿最早的爆料中就提到过“故宫器物部手续不全”，这也成为事件发生后公众质疑的另外一个焦点——故宫文物出库程序是否严格。从故宫展品失窃到此次文物受损，公众看到本来被认为是安保重重，严格管理的故宫博物院其实漏洞百出。一个藏有众多国家级文物的地方，如此松懈的管理让人不免担心文物的安全。
同时，故宫在7月31日的回应中表示，文物受损的原因是在进行无损分析测试时，实验室科研人员操作失误所导致的。“无损检测导致文物受损”，“科研人员操作失误”，这样的调查结果显然让公众有些不能理解，科研人员是否有检测资质，检测仪器是否安全？
目前，在事故发展的过程中，故宫并没有正式对文物的出库程序是否正规进行回应。故宫博物院副院长，调查组组长陈丽华曾介绍，检测仪器为美国EDAX公司生产，有7、8家国内机构都采用了这台设备，在国内比较普遍。而造成此次事故的直接当事人，是一位理工科毕业的硕士研究生，在2004年来到实验室，经过正规的培训，并且拥有中级专业技术职称。并且在2005年古陶瓷检测研究实验室成立时，当事人就经常使用该设备，此前并未发生类似情况。
此次事故的发生是由于，操作人员输入的数值出现问题，导致仪器内的样品台上升距离过大，使瓷器受到挤压被损坏。
质疑三：受损文物是否为赝品
在8月1日晚，中央电视台首次公布了故宫受损文物的图片之后，便引来了网友关于文物真假的质疑。此次央视公布的图片，与此前故宫官网上的哥窑瓷器图片相差较大。央视公布的图片中的瓷器正反面显示均为圆形，但故宫官网资料图片无论正面还是反面，盘口均能看出明显的“六瓣葵花”形状。此外，，央视的画面中，瓷盘没有哥窑瓷器特有的黑褐色“铁足”。那么受损的宋代哥窑青釉葵瓣口盘是否为赝品呢？是不是真的如一些网友猜测，国宝被掉包了呢？
8月2日，故宫方面出面表示，绝不存在文物掉包或赝品之说。相关负责人称，目前故宫官方网站提供的“故宫藏品信息”中，唯一一张宋代名为“哥窑青釉葵瓣口盘”的藏品图片，并非此次被压碎的瓷器。这位负责人进一步解释说，故宫藏品中，同一名称的瓷器不只一件，且用不同的编号表示，每一件物品尽管“大名”一样，但其形状、外观略有差别。目前，故宫通过央视向社会公布的图片，才是此次真正受损的哥窑瓷器。
为了进一步证明文物的出处，故宫博物院古器物部副主任吕成龙说：“网上公布的照片是一件清宫旧藏的一级甲等文物。而损坏的这件文物是1970年10月在南京中华门外张家洼发掘的明代 洪武四年汪兴祖墓出土文物，哥窑的盘子出土了11件。其中有两件拨给故宫。一间釉水稍微好的就是现在损坏的这件，定为一级乙等，另外一件在地底下受到腐蚀，釉面失光。”可是谁能想到，这次的证明却成了日后故宫被质疑的证据……