争论仍将继续，但是无论如何圆明园都需要的到更好的保护。自从1994年，圆明园遗址公园对园区内的藻园景区进行发掘清理之后，修缮工作一直在进行，其中也包括部分复建。
重建，耗资巨大；不重建，经历了上百年风雨的文物岌岌可危。追回文物，路途艰难且漫长；不追回，文物流离异乡。该如何才能既保证圆明园文物得到最大程度的保护，又能不削弱圆明园的历史意义，这也是圆明园文物保护的难度所在。
首先，需要明确的、也是中国圆明园学会刘阳认为公众需要弄清楚的是，重建圆明园到底重建的什么。他表示，关于重建圆明园实际上是重建基础遗址保存完好、山形水系完整的独立景点，如廓然大公、武陵春色。而圆明园部分不只是大水法那部分，那部分永远不会重建。圆明园管理处也表示，重建是有选择的，比如土木建筑之类，西洋楼、大水法肯定不能重建。
其次，如果要真的要重建，重建的具体规划、措施、范围、资料、论证等等都需要一系列的工作去完成。并且在重建的过程中，工程的进度、资金的用途是否能够公开、透明，如何保证不是又一次的面子工程。在重建之后，圆明园要如何管理，是要通过旅游开发盈利还是会成为公众纪念缅怀历史的开放空间……这一系列的问题都需要一一解决。
第三，对于流失海外的文物，需要进一步探索，找到一条对其最有效保护的途径，并且要加强宣传教育，对回归文物采取有力的保护措施。可以借鉴国外文物追索的经验，比如成立文物归还管理局，密切关注相关文物的海外拍卖和转让活动，向法院提起诉讼或者商议解决。但是由于追讨工作困难重重，对于通过购买方式的追回也许是一时的解决方法，不过仍要力争通过法律手段追讨文物。
同时，圆明园的保护工作不能完全囿于文物方面。圆明园作为中华民族的历史记忆，绝不仅仅是由无数的文物构成的，，它所承载的文化意义和历史意义也亟待保护和纪念。如今，关于圆明园保护的焦点大多集中在有形文物的保护上，比如圆明园有多少文物、多少流失海外，哪些被购买回国的文物又花掉多少金钱……反而对于该记住的纪念与反思，偏偏鲜少提到。
保护圆明园并不像争论中的那么容易，不是说重建就重建，说追讨就追讨。在圆明园遭遇劫难之后的一百余年间，圆明园附近的地理环境、国内和世界的社会环境、人文环境等等都发生了巨大的变化。比如，北京大学办公楼前的两根华表、一对汉白玉石麒麟、未名湖畔的翻尾石鱼；颐和园东宫门外的云龙陛石；国家图书馆文津街分馆院内的华表一对、石碑两块；中山公园的兰亭八柱等等，都原是圆明园的旧时收藏。更如张作霖的陵墓和北京的达园的建筑材料很多都原属圆明园，但是这些文物已经无法归还。所以，保护圆明园不是提出几个政策、几个建议，在一朝一夕之间就能够完成的，这需要更多人的智慧和努力。