虽然高校博物馆资源丰富，但是许多高校博物馆在成立之初到如今，其作用也未能得到真正发挥。高校博物馆门可罗雀，先不说有多少公众知道哪些学校拥有博物馆，就连本校的学生也不一定知道学校博物馆在哪里。
在一些高校，虽然博物馆馆藏丰富，但宣传不足。虽然部分学校也将参观博物馆作为新生入学的一项必要活动，但是由于高校博物馆馆藏陈旧、形式刻板，并不能引起广大学生的兴趣和注意，在走马观花般的参观之后，随即便将博物馆抛之脑后，高校博物馆也成了众多在校生的“入学一日游”。然而，在一些学校，由于审批手续繁琐或者其他原因，学校博物馆干脆成了学校接待来访专家学者、外校交流或者仅供科研的专用。在记者走访的几座高校中，还有更多的在校生连学校博物馆的位置、开放时间、馆藏文物等一概不知。
除了物不能尽其能之外，高校博物馆目前还存在种种困难。比如，藏品征集困难、展品补充和更新缓慢等等。一般来讲，高校博物馆的展品补充比公立博物馆和私立博物馆更为困难。从创立来看，国内不少高校博物馆都是从考古专业发展而来，在考古专业发掘研究的基础之上，积累了大批的文物。同时藏品来源还有，征集、调拨等形式。然而目前，随着古迹遭到不断地破坏，和社会收藏热的兴起，公立博物馆的藏品征集都愈来愈困难，更何况鲜为人知的高校博物馆。也只能依靠小部分的捐赠，馆藏才能得以更新。
此外，，高校博物馆管理机制和发展模式也比较落后，与外界联系甚少，宣传工作更是不多。同时，高校博物馆也面临着一个非常实际的问题，就是高校博物馆不可能拥有像公立或者私立博物馆一样的接待能力，毕竟校园还是学生们学习和生活的地方。两者之间的矛盾，也是高校博物馆处于尴尬境地的原因之一。
不过，文物局和教育部也意识到了高校博物馆的发展问题。
2011年，文物局和教育部发布通知要求加强高校博物馆建设与发展，要将高校博物馆纳入国民经济和社会发展规划，纳入高等教育事业发展规划，纳入博物馆事业发展规划。与此同时，一些高校博物馆也开始了数字化的进程，纷纷在网上建立数字展厅，让人们既可以欣赏到众多的珍贵文物，也能够不打扰学生们的校园生活。
虽然这样的设想很好，并且也有一些知名院校的数字博物馆陆续建成，但是如今不少大学的网页中虽然添加了“数字博物馆”一项，但是页面依然处于“无法显示”的状态，高校博物馆数字化建设虎头蛇尾，并没有起到应有的效果。